Общее руководство осуществляет ответственный секретарь городского кенеша.
В своей деятельности аппарат руководствуется Конституцией Кыргызской Республики, Указами Президента Кыргызской Республики, решениями сессий и Президиумов Кара-Балтинского городского кенеша, распоряжениями председателя Кара-Балтинского городского кенеша и Положением об аппарате.